Могут ли в школе в аттестат за 11 класс добавить зачет/незачет по спецкурсу, который они называют "обязательным"

имеют почему нет то?

Не зачёт это два варианта
-оставят на второй год
-дадут справку бывал в школе прослушал...... Предметов

Что за курсы хоть? Они прямо в школе проходят?

Все, что входит в учебный план, влияет на допуск к ЕГЭ и аттестат.

Само словечко "спецкурс" вызывает сомнение.
При этом заверение школьной администрации, что они "обязательны".
В таких двусмысленных ситуациях обычно помогает письменное заявление.
Пишешь к директору заявления по всем правилам, в двух экземплярах. Подаёшь через канцелярию, с просьбой зарегистрировать оба экземпляра. Один директору, один себе оставляешь.
В заявлении просишь ОСВОБОДИТЬ тебя от посещении "спецкурсов".
Не важно, каков будет ответ. Важно, чтобы он был зафиксирован на бумаге. Если напишут, что освободить не могут, то с этим документом можно подавать жалобу районному начальству.
Ну или сразу послать маму-папу с вопросами в дирекцию и затем в районное отделение.

Это пусть ваши родители прояснят у директора школы... Пока ваша информация ни о чем... Кто здесь знает - в какой школе вы учитесь, в каком регионе?! Какая у них программа обучения?