Кто должен оплачивать Электронную подпись и лицензию на КриптоПро государство или граждане

вестимо тот кто заинтересован в их получении или выдаче.

не хочешь подписи, не оплачивай...

если тебе нужна по работе - оплачивает работодатель (мне по работе нужно было - мне сделали за счет работы)
если лично тебе(напр. для ИП) - оплачиваешь сам
..а государству вообще по (фигу) на твою подпись

Юрлицам и ИП дают ЭЦП бесплатно в отделении ФНС