Ну, есть такая прога
Uninstall Tool , которая делает качественное (корректное) удаление программ, включая записи о них в реестре Виндоуз.
А систему хорошо чистит
RegOrganizer . Только он платный. Но своих (кстати, не очень и больших) денег стоит. Он заменяет и первую прогу, т.к. тоже умеет корректно удалять программы. Намного лучше, чем это делается стандартными средствами винды.