Добавление новых функций. Пользователи хотят получать новые версии программ, и авторы добавляют в них дополнительные возможности, например, для редактирования видео, работы с системным планировщиком, оптимизации системы и проверки обновлений.
Использование сторонних библиотек и компонентов. Нередко в программе трёх-четырёхкратно дублируется код. Например, в программе может оказаться сразу три разных версии библиотеки ZLib.
Наличие сложной и объёмной архитектуры. В программах с большим функционалом используется многоуровневый код с различными модулями, драйверами, фреймворками и другими программными частями.
Удалите "чистильщики" (CCleaner и т.п.) и никогда ими не пользуйтесь, так как они "идут напролом", затрагивая не только пользовательские файлы, но и систему. Особенно-реестр. По поводу таких "чистильщиков" MS выпустила отдельную Справку:
https://support.microsoft.com/ru-ru/kb/2563254 Что касается Вашей проблемы.
1) Чтобы более глубоко выполнить Очистку диска, данное приложение надо запускать от имени Администратора.
2) Посмотрите контрольные точки защиты системы. При большом их количестве - удалите старые.
3) Посмотрите, есть ли в корне диска С папки с названиями Windows.old, $Windows.~Bt и $Windows.~Ws. Если система работает стабильно, то их можно удалить.
4) Выполните вручную очистку папки c:\WINDOWS\SoftwareDistribution\Download\
5) Можно выполнить очистку (сжатие) системной папки WinSxS. Только учтите, что некорректное выполнение может привести к неработоспособности ОС. Для очистки надо создать .bat файл с таким содержимым:
Dism.exe /Online /Cleanup-Image /AnalyzeComponentStore
Dism.exe /Online /Cleanup-Image /StartComponentCleanup
Dism.exe /Online /Cleanup-Image /StartComponentCleanup /ResetBase
Dism.exe /Online /Cleanup-Image /AnalyzeComponentStore
pause
и запустить его от имени Администратора. Если папка "забита", то очистка будет длиться долго. Учтите это.