Нету ссылки на документ в 1с

Надо смотреть, как делаются записи в регистр. Есть ли там строка, которая заполняет Заказ.
Если есть, и при этом в документе-регистраторе или откуда он берется, заказ заполнен, то стоит проверить тип поля Заказ в вашем регистре. Возможно там не указан нужный тип документа, поэтому и ссылка не записывается