В инструкции по применению лекарства написано: "по 3 капсулы 3 раза в день". Это значит что за сутки нужно выпить 9 шт?

Точно так.

Ну, прости внимательнее, при каких условиях, перед едой или после еды, вероятнее всего, что всего нужно выпить за день 3 капсулы, которые нужно принимать 3 раза в день по одной.