Есть ли разница между обозначением радиуса окружности как "r" и "R"?

"r" и "R" оба обозначают радиус окружности. Различие обычно используется для различения радиусов в задачах с несколькими окружностями: "r" для меньшего, "R" для большего.

ну вообще есть R - радиус описаной окружности , а r - вписаной

Нет никакой разницы в обозначениях
Можно хоть Z назвать, смотря как тебе удобнее
если окружностей больше, чем 2, то появятся и цифры

суть обозначений - упрощение жизни, поэтому обычно r - радиус малой окружности (обычно вписанной), а R - радиус большей окружности (или же описанной)