Используй абсолютные пути к файлам.
Вот такое:
<link href="css/style.css" ... />
является причиной большого геморроя. Путь к папке css будет отсчитываться не от корня сайта, а от того url, который сейчас введён. И если, например, введён url mysite/index.html, то реальный путь будет: mysite/css/style.css, но если введён url mysite/folder/page.html, то реальный путь будет: mysite/folder/css/style.css.
Путь от корня текущего сайта, не зависящий от url станицы, задаётся так:
<link href="/css/style.css" ... />
c обязательным слешем в начале. В этом случае и при адресе страницы mysite/index.html, и при адресе страницы mysite/folder/page.html, адрес css будет одним и тем же: mysite/css/style.css.
И это намного проще и надёжнее, чем трюкачество с <base>.