Это зависит в каком формате сохраняете и есть ли фон в работе. Если в формате JPEG (*.jpeg) То такой формат не поддерживает "без фона". Без фона можно сохранить в PNG (*.png). Если рисовали на одном слое, также не уластся отключить. Отключить слой с фоном можно если он отдельно.

вот результат
