В After Effects импортированные фигуры по умолчанию центрируются в композиции. Это происходит из-за того, что точка привязки (anchor point) фигуры по умолчанию находится в её геометрическом центре. Чтобы изменить положение фигуры, нужно изменить её точку привязки или переместить слой вручную.