Коммерческие маршруты если станут московскими будут ли в них льготы по карте Москвича

Не факт. Смотря на каких условиях их передадут Москве. Нигде же не сказано, что они станут социальными. Речь идёт только о том, чтобы заменить очевидно скомпрометировавщих себя областных перевозчиков на более вменяемый. Ну и зачем тогда Мосгортрансу за свой счёт и себе в убыток возить областной народ?