Можно ли засунуть .bat или .exe файл в .jar с его запуском (.jar сурс есть)

.bat или .exe можно засунуть в jar, как ресурс.
Чтобы запустить исполняемый файл, его нужно из jar в runtime выгрузить на локальную файловую систему, так как java приложение даёт команду ОС выполнить файл, а ОС нужен прямой доступ к выполняемому файлу.
ОС не умеет вычленять исполняемые файлы из jar архивов для их исполнения.
Если по условию выгружать файл на локальную файловую систему нельзя, то придётся городить среду выполнения исполняемого файла внутри java программы, но это уже next level play.