Первым в косточке прорастает корень. Если с обратной стороны еще ничего не выросло, то значит это корешок.
Так выглядят проросшие корешки.

Зародыш (росток) в семени лимона расположен как раз возле самой жёсткой части оболочки косточки (тупая сторона). И всего один, в отличии, к примеру, от мандарина, где в одной косточке два зародыша.