C dll-ками не прокатит в том смысле, что их все равно при запуске нужно будет выкладывать в текущую/временную папку (или использовать более хитрые механизмы типа загрузки в кучу и динамического вызова оттуда) + дотнетовские нужно регистрировать перед запуском. Если у них есть исходники - то можно переделать в статические и слинковаться, но не с любыми сторонними и для шарпа это может быть неактуально.
Всё остальное -
в ресурсы