Наличие хорды: осевой скелет в виде плотного, упругого стержня. У большинства на этапе зародыша, у некоторых сохраняется всю жизнь.
Нервная трубка: расположена над хордой, имеет вид трубки. У высших хордовых образует головной и спинной мозг.
Жаберные щели в глотке: на определенном этапе развития (у некоторых всю жизнь). У водных - органы дыхания, у наземных зарастают.
Двусторонне-симметричное тело.
Замкнутая кровеносная система (у большинства).
Вторичноротые: в процессе эмбрионального развития на месте первичного рта (бластопора) образуется анальное отверстие, а рот прорывается на противоположном конце тела.