Точки на фото

Просвети фонариком линзы и под лупой рассмотри. Если всё чисто, то попробуй сброс к заводским настройкам. Если ничего не изменится, то, вероятно, потребуется замена модуля камеры.

если всё время на одном месте - пыль на матрице, или битые пиксели

если со сьемным объективом, сфоткай без него

Похоже на пыль на матрице.

"матрица чистая, стёкла тоже" - неправда, это или грязь на матрице или грязь на стеклах, третьего варианта вообще нет. :)
На первый взгляд эти выглядят как грязь на матрице. Проверяем так: если пятна никогда не меняют своего положения, НЕ меняются при изменении наводки резкости или зума, то они на матрице.

Очень похоже на пыль или мусор на матрице, а мусор на объективе обычно размывается и не так виден хорошо.

Надеюсь, Вы не подумали, что это чёрные дыры?
А по существу - см. предыдущие ответы - матрица не очень уж и чистая. Бывает.