Можно писать хоть в блокноте. Заголовочные файлы нужны компилятору во время и для компиляции исходного текста в двоичный код.
windows.h дают вместе с компилятором.
stdafx.h просто общепринятое название общего для проекта файла. Его создаёшь (или нет) сам и пишешь там что хочешь.