Вода может плохо пахнуть из-за многих причин - наличие тяжелых металлов и минералов в ней, примеси в виде сточных вод и т.д. Если собираетесь использовать воду из колодца как питьевую, предварительно сделайте анализ воды нa
https://ecomkm.ru/services/laboratornye-issledovaniya/analiza-vody/ если все нормально, то просто поставьте хороший фильтр.