Нужно ли пробивать чек за перевод по QR коду на Расчетный счёт?

Если уже есть налоговое требование , о доначислении вам налога с дохода в связи с тем что ИФНС доначислила вам налог с дохода проведенного по кассе с формой расчета "безналичном порядке" согласно ст.4.7 54-ФЗ и эту же оплату учли по поступлениям от покупателей на расчетный счет , то тогда стоит на это требование подать жалобу в вышестоящий орган ФНС. Жалобу быстро рассматривают, только нужно обязательно иметь ссылку на решение ИФНС.
https://www.nalog.gov.ru/rn77/service/obr_fts/
Так как действительно согласно 54-ФЗ продавец обязан пробивать чек при оплате через СБП при расчетах с населением.
Если оплату по QR коду произвел ИП или юр.лицо, то фискальный кассовый чек при безналичных расчетах пробивать не нужно. Ну а если уже пробили , то стоит сделать чек коррекции отменив его.
Минфин РФ: Письмо № 30-01-15/89950 от 08.11.2021
Нужна ли касса при оплате QR-кодом

Если вы пробили чек на ККТ (контрольно-кассовой технике) по переводу денег на расчётный счёт с помощью QR-кода, то операция должна быть зафиксирована на ККТ, как вы и сделали. Однако, важно учитывать несколько моментов:

Пробитие чека на безналичные переводы: Если перевод средств происходит через QR-код, который приводит к зачислению на расчётный счёт, то ФНС может рассматривать такие операции как безналичные расчёты, и они подлежат учёту в книге продаж или иной учётной документации, в зависимости от вида деятельности.

Формирование налоговой базы: Если ФНС суммировала эти приходы и выставила вам второй налог, это может быть связано с тем, как вы оформляете свои операции. Важно правильно классифицировать операции, чтобы не возникало избыточного налогообложения.

Ответ ФНС: То, что ФНС не дала ответа в течение 3 недель, может указывать на необходимость дополнительных разъяснений с их стороны. Это достаточно длительный срок, и вам следует продолжать ожидать ответа или, возможно, обратиться в налоговый орган повторно с уточнением статуса запроса.

Что можно сделать:

Уточните у налоговой службы, как конкретно им следует фиксировать такие переводы и нужно ли дополнительно пробивать чек на безналичные переводы по QR-коду, или это считается достаточно для учёта в системе ККТ.
Если ошибка со стороны налоговой службы или техническая проблема, возможно, стоит подать запрос на уточнение и объяснение ситуации.
В общем, пробить чек на ККТ за перевод по QR-коду на расчётный счёт может быть правильно, но важно следить за правильностью оформления операции в налоговой учётности и учёте налога, чтобы избежать ошибок. Консультация бухгалтера по налогам https://e-kasatkina.ru/