По каким параметрам выбирают размер отверстия колпачка магнетрона микроволновй печи?

Скорее всего, учитываются несколько параметров: мощность магнетрона, напряжение, подводимое к нему, форма и размер волновода и камеры.

Этот колпачок вообще то называется АНТЕННОЙ МАГНЕТРОНА . И соответственно влияет на частоту и направленность излучения .