Покупка ржд билета

Никогда такого не было, может разве что не в тот поезд сесть пытались, тогда да, паспорт в системе не отображается

Не сталкивался с подобными проблемами, хотя по два, три раза в месяц, езжу с командой по разным городам жд транспортом

Такое может быть, только если вы пытаетесь сесть на другой поезд.
Ну или вы с датой ошиблись. Такое часто бывает с полуночными поездами.

Шутка?

Это очень странно, по идее, при пoкупке билета, человек автоматически вносится в список пассажиров конкретного поезда и вагона. Самое главное - брать ж/д билеты в проверенных местах, например, нa https://rutrip.ru тогда никаких казусов быть не должно.