Как лучше добраться из Томска в Новосибирск?

пешком.

Без шуток лучше на автобусе так-как это дешевле чем на поезде

Быстрее самолет, 3к билет стоит на всем известном сайте с акциями, за час долетишь,поезд также стоит наверное, на автобусе дешевле и 4 часа

https://yandex.ru/maps/?ll=83.940450%2C55.764234&mode=routes&rtext=56.484645%2C84.947649~55.030204%2C82.920430&rtt=pd&ruri=~&z=8 от так

Электричек нет. На поезде и на автобусе время в пути плюс-минус одинаковое.

В своё время электрички были, и это был лучший способ.
Если сейчас нет - увы.
Поезд всегда комфортнее, надёжнее и безопаснее автобуса. Дальние поезда там точно есть.