Одна из распространённых легенд гласит, что старатель после регистрации участка молился, чтобы там было золото, приговаривая: «Подай, Бог!». Эта фраза потом исказилась до «Бодайбо». .
Поселение получило своё название от одноимённой реки — Бодайбо. Сам же гидроним Бодайбо предположительно восходит к эвенкийскому языку со значением «это место».