Подскажите пожалуйста: куда отнести пени и штрафы по ФСС

Д-т 91 К-т 69. Пени по налогам не уменьшают налогооблагаемую прибыль.
Что касается сч. 99, то внимательнее читайте инструкцию к плану счетов.

Счет 99 "Прибыли и убытки" предназначен для обобщения информации о формировании конечного финансового результата деятельности организации в отчетном году.
Конечный финансовый результат (чистая прибыль или чистый убыток) слагается из финансового результата от обычных видов деятельности, а также прочих доходов и расходов. По дебету счета 99 "Прибыли и убытки" отражаются убытки (потери, расходы) , а по кредиту - прибыли (доходы) организации. Сопоставление дебетового и кредитового оборотов за отчетный период показывает конечный финансовый результат отчетного периода.
(в ред. Приказа Минфина РФ от 18.09.2006 N 115н)
На счете 99 "Прибыли и убытки" в течение отчетного года отражаются:
прибыль или убыток от обычных видов деятельности - в корреспонденции со счетом 90 "Продажи";
сальдо прочих доходов и расходов за отчетный месяц - в корреспонденции со счетом 91 "Прочие доходы и расходы";
абзац исключен. - Приказ Минфина РФ от 18.09.2006 N 115н;
суммы начисленного условного расхода по налогу на прибыль, постоянных обязательств и платежи по перерасчетам по этому налогу из фактической прибыли, а также суммы причитающихся налоговых санкций - в корреспонденции со счетом 68 "Расчеты по налогам и сборам".
(в ред. Приказа Минфина РФ от 07.05.2003 N 38н)

Это значит, что на 99 счете отражается только налог на прибыль.