Если росток не большой, то должен быть под землей. Луковицы лилий высаживают на глубину, равную трем ее диаметрам, не зависимо, какого размера росток.

Исключение составляют некоторые виды лилий, например лилия белоснежная

Более подробная информация здесь
https://rastenievod.com/liliya-sadovaya.html