не приняли декларацию и прислали отказ на 3-НДФЛ возврат с 2 милионов 13%
ЧИТАТЬ ВНУТРИ!!! НОМОГИТЕ!

Каким образом банк заключил договор ипотеки на сумму, отличную от суммы договора купли-продажи? Ведь ипотека оформляется на сумму, указанную в официальном документе, в данном случае договоре купли-продажи, причем с отметкой о госрегистрации . В любом случае налоговая вернет вам 13 % только с фактически уплаченной Вами суммы (естественно в пределах 260 тыс. руб.) , подтвержденной документами об оплате, и при наличии договора, где сумма будет равна вашей оплате. По договору ипотеки Вы можете возмещать только с процентов по ссуде, но если сумма покупки жилья и сумма договора ипотеки (без процентов) разные - будут вопросы, попробуйте, докажите, что это все по одной сделке.
Вообще Ваш вопрос несколько не корректно сформулирован!