После использования приложения перестал работать интернет

Ну значит, через них подключаешься к заблокированному VPN-серверу, VPN-сервер должен не быть заблокирован, само собой.

В том же Nekoray можно ещё сломать, если через него выставить системный прокси, а потом прибить Nekoray через диспетчер, прокси останется прописанным в системе, а работать при этом не будет, потому что закрыл его. Чинится повторным запуском Nekoray либо убиранием в настройках винды Прокси-сервера.