Как получить доступ к консоли сервера имея только доступ к файлам? (Сервер Майнкрафт)

Ну ты можешь только логи консоли посмотреть.

Если есть возможность то можно в server properties включить rcon или залить на сервер вредоносный плагин который может что-то с консолью делать