Если Вы имеете в виду, что в мазке кокки, так это норма, если они вместе с палочками (лактобациллы), тогда пишут: палочково-кокковая флора, а если одни кокки, и лейкоциты повышенны, то это говорит о восполении и только..
Кокки - это такие микробы. Имеют несколько разновидностей, например пневмококки - возбудители пневмонии, гонококки - возбудители гонореи - вот они как раз и передаются половым путём, в общем зависит от разновидности.
Понятие кокки используется в микробиологии - для обозначения формы бактерий. Это хорошо видно по руководствам по микробиологии, например, посмотрите кокки тут