Можно ли отформатировать SD карту в файловую систему NTFS, если да при помощи какой программы?

Достаточно имеющегося в Windows инструментария. И тип карты тут значения не имеет.
Сначала надо включить возможность форматирования флэшки в NTFS (по умолчанию доступны только FAT и FAT32). Для этого:
Панель управления > Система > вкладка Оборудование > Диспетчер устройств > в открывшемся окне найти Дисковые устройства > щелкнуть по флешке два раза > в открывшемся окне выбрать вкладку Политика > выбрать параметр Оптимизировать для выполнения > нажать ОК

Теперь при форматировании флэшки (хотя бы по меню правой клавиши) будет доступна файловая ситема NTFS.

Так же можно перевести файловую систему флэш накопителя в файловую систему NTFS путем использования встроенной утилиты преобразования файловой системы convert.exe с сохраненеием всех данных на носителе:
после того как в Политике накопителя включен параметр Оптимизировать для выполнения, нужно запустить командный интерпретатор: Пуск > Выполнить > Набрать команду cmd > нажать ОК > набрать команду convert(буква флэшки) : /fs:ntfs /nosecurity /x
например имя флэшки будет иметь букву H, тогда команда будет выглядеть следующим образом: convert h: /fs:ntfs /nosecurity /x