почему различаются между собой свойства графита и алмаза

у них разные кристалические решётки

Когда одни химический элемент а в случае с графитом и алмазом это углерод образует разные вещества такое свойство называют аллотропией.
В алмазе каждый 4-х валентный атом углерода связан с другим атомом углерода чисто ковалентной связью и количество таких связанных в каркас атомов чрезвычайно велико.
В кристалле графита атомы углерода объединены в плоские слои, состоящие из правильных шестиугольников. Расстояние между слоями в графите довольно велико, а силы взаимодействия между ними довольно слабы.
То есть и то и другое можно было бы с натяжкой, конечно, назвать гигантскими молекулами, различающимися по силам притыжения между атомами.