Миссисипский аллигатор - один из наиболее изученных в биологическом отношении видов крокодилов. Замечательная особенность биологии миссисипского аллигатора - его деятельность по выкапыванию и поддерживанию прудов, которые являются средой обитания для многих видов пресноводных растений и животных и поддерживают жизнь большого числа видов организмов в периоды засух. Аллигаторы выкапывают пруды на болотах, разрыхляя и разбрасывая почву задними ногами и ударами хвоста. Они постоянно очищают пруды, в которых обитают, от излишней растительности и густой грязи, выталкивая и вынося ее на берег. По берегам прудов, вырытых аллигаторами, вырастают ивы. Корни деревьев связывают почву, образуя островки суши среди болот. В прудах, созданных аллигаторами, складывается специфическое сообщество животных и растений. На этих прудах кормятся многие виды водоплавающих птиц и млекопитающих. Обычно в пруду поселяется один взрослый самец или одна взрослая самка с выводком, либо несколько молодых аллигаторов. Однако в период засух в уцелевших водоемах собираются большие группы этих животных, среди которых из-за недостатка кормов усиливается каннибализм.
Аллигатор во время сухого сезона с помощью морды и хвоста на берегу водоема выкапывает нору, которая имеет вид связанных между собой тоннелей, часть которой из которых находится выше уровня воды. Тоннели длиной до 36 м, тянутся от пруда под корни деревьев и на конце заканчиваются камерой. Логовище аллигатора заполнено грязью, более густой у дна и подсыхающей в период засух. Когда нора и водоем полностью высыхает, аллигатор отправляется на поиски другого источника пресной воды.
В свои норы животные скрываются в случае опасности или при падении температуры воздуха ниже температуры воды. В норах аллигаторы проводят зиму. Интересно, что аллигаторы не впадают в продолжительную спячку, хотя могут засыпать на время холодов. Нередко старые самцы из года в год занимают одни и те же норы.