Где находятся MSI-пакеты? и как ими пользоваться?

Пакеты чего? установки? (*.msi) или обновления? (.msu)
ЗЫ. Просто относятся эти два типа пакетов к семейству Microsoft Windows Installer(MSI)

Вообще, до установки, они могут находится где угодно, чтобы оттуда произвести установку. После же установки, складываются в %SYSTEMROOT%\system32\ для возможности деинсталляции ПО.
Есть запрограммированные msi пакеты, и универсальные. Первые от вторых отличаются тем, что всё происходит "по-плану". в универсальных же пакетах заложен определенный функционал, параметры которого передаются через строку пераметров (lpCmdLine). Есть еще утилита для создания подобных пакетов установки (**** Express, ну как-то так в общем, у меня эта программа шла с Visual FoxPro 9.0), а есть непосредственно редактор пакетов - Orca, её можешь поискать на сайте MS.

Ты наверное хочешь научиться через параметры указывать пакету установки указывать необходимость автоматической установки без взаимодействия с пользователем?

win + R - написать install - нажать enter

Нá скöлькô пõмню обсуждалось тут, используй - виндовсфикс. ру