Соцветия-корзинки ромашки аптечной имеют диаметр 1,8–2,5 см и расположены на концах побегов на длинных цветоносах. Ложе корзинки в начале цветения полушаровидное, а в конце цветения и во время плодоношения – коническое, полое внутри. Полое цветоложе – отличительный признак этого вида. Краевые язычковые цветки в корзинке аптечной ромашки белые, 0,8–1,4 см длиной и 2,5–3 мм шириной. Внутренние цветки трубчатые, обоеполые, золотисто-желтые.