Отличия, в массе своей, внешние:
21099
2115
+ так называемую "европанель" (сейчас на всех 2113-15) начали ставить на 21099 незадолго до снятия её с производства.
Название "Самара" для моделей 2108-09-099 было выбрано волевым решением. Само слово "Самара" является названием города. А до имени "Самара" семейство носило имя " Спутник".
---------------------------------
UPD
Как говорит Википедия (
http://ru.wikipedia.org/wiki/Lada_Samara ), Самарами изначально окрестили экспортные авто.
Вероятно, я ошибся с определением изначального значения слова "Самара" (
http://ru.wikipedia.org/wiki/Самара_(значения) )