Вполне возможно, что не удаляется, потому что запущена в фоне. Ctrl+Alt+Del - посмотри процессы, отключи ненужные. Или загрузись в безопасном режиме, там минимум прог запускается, там эту папку и убей. Можно какой-нибудь Registry Cleaner запустить, и в нем поубивать все, что связано с программой.
Есть целый ряд программ для удаления. Я как-то в такой ситуации воспользовался программой Unlocker. Помогло. Кстати она может быть встроена в Total Commander. Удачи!