Как вести бухгалтерию интернет-магазина с доставкой товара на дом?

Налоговый режим применяемый к ЭЛЕКТРОННОМУ магазину (не путать с электронной витриной!), будет применяться такой, какой установлен в СТРАНЕ, ГДЕ ФИЗИЧЕСКИ ЛЕЖИТ ВАШ САЙТ электронного магазина - т.е. СЕРВЕР на котором Вы хоститесь (доменная зона здесь не причём! - хоть .ru хоть .com ...)
Исходя из этого - и все остальные проблемы связанные с налогообложением.

P.S. Электронный магазин - сайт, способный принимать, обрабатывать платежи, доставлять товар - в АВТОМАТИЧЕСКОМ режиме. Всё остальное - Интернет витрина товаров фирмы (платежи обрабатываются оператором, отсылка товаров почтой или курьером).