почему небольшое количество альфа частиц отклоняется на большие углы при прохождении через атомы?

На ядра атомов наталкиваются.

Потому что в ядре атома есть сосредоточенный заряд, который обеспечивает большую Кулоновскую силу отталкивания. Это опыт Резерфорда, где он пытался выяснить строение атома. подробнее здесь http://ru.wikipedia.org/wiki/Формула_Резерфорда