Как написать латинскими буквами буквы - Ю, Я?

Ю - U
Я - Ya

ну я пишется ya.а ю пишется yu

Точно yu, ya, если Вы имеете в виду английский (и он же международный) транслит. Если рискуете потерять деньги, напишите, какие именно слова надо транслитирировать.

буква ю по-латыни будет ju, я - ja

В классической латыни "Ю" передаётся сочетаниями букв iu (например, слово "ius" - "право" читается как "юс").
"Я" лучше передать как "ia" (например, "ianua " - "дверь" читается как "януа").
Если речь идёт просто о том, чтобы написать русское слово латинскими буквами, то смотрите правила транслитерации (здесь, например: Транслитерация русского алфавита).

царик