Почему слово бракованные пишется с НН ? Ведь прилагательные образованные от существительных на -ан пишутся с н ?

Потому что это (исходно) не прилагательное, а причастие прошедшего времени в страдательном залоге от глагола браковать... .
а пишется оно с двумя НН потому, что есть правила написания таких причастий, в котором сказано, что слова, оканчивающиеся на -ованный, еванный, кроме кованый, пишутся с двумя НН.