сегодня увидел что ствол пеперомии снизу потемнел, я его повернул и ствол начал заваливаться. наверное перелил

Должна Вас огорчить - корней у Вашей пеперомии больше нет.
Срежьте стебель чистым лезвием до здоровых тканей - чтобы на срезе не было темного пятна, слегка подсушите и поставьте укореняться, можно в воду. Воду меняйте каждый день.
Землю из горшка выкиньте, горшок хорошенько отмойте и продезинфицируйте (можно бледнорозовым раствором марганцовки) .
Зеленой массы и мошкары быть не должно.
Перелететь может, так что внимательно просмотрите остальные горшки.

Увы, это корневая гниль. Причина: переувлажнение почвы. Можно попытаться спасти растение. Для этого вытащите его из горшка и освободите от земли, промыв под струей воды (вы это уже сделали - хорошо), далее острым ножом обрежьте все потемневшие мягкие корни, обрежте все стебли и листья со следами гнили и верхнюю часть стеблей ( что бы компенсировать потерю корней) . Осторожно посадите в новый горшок и свежую землю, пролейте каким нибудь фунгицидом, поместите горшок в светлое место но так чтобы не попадали солнечные лучи. НЕ ПОЛИВАЙТЕ до тех пор, пока не появится новая поросль, затем поливайте осторожно чтобы не было переувлажнения почвы.

Возможно, в горшке нарушен дренаж или отсутствует отверстие для выхода излишек воды при поливе. Причиной может быть тяжелая почва, которая не пропускает достаточно воздуха к корням. Обрежьте черенок до здоровой ткани, посадите в легкий грунт, накройте пакетом и поставьте в теплое место, периодически проветривайте.