Что лучше: два логических диска на большом физическом или же два отдельных физических диска?

Ну тут по моему не трудно самому догадаться.
В обоих случаях есть и плюсы и минусы.

2 отдельных HDD лучше для надежности хранения данных, т. е мало вероятно, что оба HDD сдохнут одновременно. Значит часть ваших данных у вас останется. потом 2 HDD можно организовать в RAID-1 (зеркало) Тогда все 100% данных у вас останутся даже если один из HDD сдохнет безвозвратно. Если же поставить 2 HDD в RAID-0, то вы получите серьезную прибавку в скорости подсистемы жестких дисков, но если же хоть один HDD накроется, то вы потеряете все 100% данных.
Минусы 2-х HDD по сравнению с 1 такие: Большее энергопотребление, большее тепловыделение, больше уровень шума, ну и занимание места в корпуса. А если он m-ATX, то это может стать очень не приятной вещью.. .

Лично у меня большой корпус Full ATX и в нем 6xHDD. 2 маленьких стоят в RAID-0 и на них установлена только система с программами и игры. Ничего важного я на RAID-е не храню, систему восстановит это дело 5-10 минут, а на игру вообще плевать, в крайнем случае сейвы можно сохранять на другой диск илифлешку.
А остальные 4 HDD стоят кажый отдельно и на них я храню важные для меня данные.

Удачи.