Почему в отдельной фонеме нельзя указать функционально значимые признаки,если неизвестно,в каком языке она используется?

Потому что функциональные признаки фонемы зависят именно от языка. Например, длительность гласных в русском языке роли не играет, а в немецком - только лишь длительность гласного звука меняет значение слова.