Могу предложить такой способ. Берем программулину Regmon (
http://www.izone.ru/sys/monitoring/regmon-download.htm ), изменяем в Explorer параметр отображения скрытых файлов, затем смотрим, какой ключик реестра изменяется. Затем пишем 2 небольших файлика реестра (для включения и отключения) и импортируем их по мере надобности. Либо пишем скриптик на VBScript или JavaScript для изменения соответствующего значения в реестре.
P. S. Сам попробовать не успел, но результат интересен. На досуге гляну сам
Как сделать так чтобы для включения/выключения отображения скрытых файлов не приходилось каждый раз лезть в "Свойства папки"?