PHP - интерпретируемый язык, т. е. программа на PHP не компилируется (слышал, что работы по созданию компилятора ведуться, но мне мало верится что хороший компилятор для PHP в принципе возможен) . PHP.Net невозможен чисто технологически (по крайней мере на данном этапе развития этих технологий) . А если нужно скрыть исходники, то пользуйся
zlib.