могут ли жить,микроорганизмы в микроорганизмах?

Не только могут, но есть даже такие, которые живут только внутри микроорганизмов и бактерий. Это внутриклеточные паразиты.
Риккетсии, хламидии.
Так, например, риккетсии живут только внутри клеток и их невозможно выращивать в свободном состоянии. В отличие от вирусов риккетсии имеют клеточную стенку.
Считается, что эукариоты - организмы состоящие из клеток, содержащих ядра и органеллы произошли от симбиоза паразитических организмов и клеток хозяев. От них произошли митохондрии, хлоропласты и жгутики, которые имеют собственную ДНК и размножаются внутри клеток делением, как бактерии.