Остаётся ли польза от семян льна в хлебе, если они подвергаются воздействию высокой температуры при выпекании?

Остаётся.
1. Жирораостворимые витамины слабо разрушаются при нагревании.
2. При выпекании внутри буханки температура достаточно невысокая. Даже дрожжи частично сохраняют жизнеспособность, поэтому свежим хлебом можно заквасить квас.