Что есть "файлы MDF и MDS"? Что общего и какие отличия? Кто-нибудь знает?

Это файлы-образы программы Алкоголя 120, один из них управляющий, а второй непосредственно данные (игры прогрммы, и т. д.)

я точно не знаю, но скажу: мдф - это архив, где хранится содержимое диска, а мдс - файл содержащий инфу о защите от копирования и т. д.

mdf - формат файла - образа диска. Это так сказать электронный вариант диска. Он используется в связке с mds файлом, без которого он не распознаётся некоторыми программами - эмуляторами.
"Монтируются" эти файлы - образы с помощью таких программ, как Alcohol, Daemon tools и др.

Файл .mds создал DVDDecryptor. Случается если пользователь использует FAT32 на харде (например Win98). Если образ больче чем 4 ГБ, то он разбивается на двое и информация о том как его записывать находится в файле .mds. Если для тебя это неактуально, то можешь смело выберать Iso Write в DVDDecryptor'е и бёрнить .iso.