указывать сведения о филиалах в учредительном договоре ООО?

Анна, я Вам уже объяснял.
ФЗ "Об ООО" содержзит императивную норму, согласно которой сведения о филиалах и рпедставительствах должны быть указаны в Уставе. Про учредительный договор, там ничего не сказано.
ОДнако, с тем, что бы снять асболютно все возможные претензии (причем тут аудиторы мне лично не совсем понятно) , Вы можете воспользоваться не специальной нормой, а общей содержащейся в ГК РФ (абз. 3ч. 3 ст. 55)
Представительства и филиалы должны быть указаны в учредительных документах создавшего их юридического лица.
В силу ФЗ "Об ООО" учредительный договор является учредительным документом (в отличии договора о создании АО) поэтому внесите сведения, и не мучайтесь, хуже (да и лучше) не будет.
Удачи