Ни один проигрыватель не видит 2ой звуковой дорожки, в чем проблема?

Если у Вас она из последних версий K-Lite Codec Pack, попробуйте в Media Player Classic через меню View - Options - Internal Filters отключать/включать встроенные фильтры (Source Filters) для вашего типа файла - MP4/MOV, Matroska, Mpeg PS/TS. Если не помогло еще раз смотрим через MediaInfo - должен показать наличие двух дороже аудио. Если есть - пробуем открыть файл в tsMuxer, MKVToolnix (mmg.exe), и перемуксить заново в TS или MKV контейнер. В этих программах должны при импорте показываться ваши 2 дорожки. Можно удалить/поставить заново K-Lite Codec Pack и повторить операции с начала. Также в K-Lite Codec Pack есть Codec Tweak Tool, он помогает включать/выключать фильтры, кодеки, медиа сплиттеры (Haali, Gabest)